Кратковременный вход и выход биологических макромолекул из нанопоры приводит к дискретным сбоям в стационарном базовом сигнале, как показано на рис. 1В для случая молекул ДНК. Поскольку нуклеиновые кислоты заряжены отрицательно, напряжение, приложенное к камере анализируемого вещества ( цис- камере), более отрицательно, чем напряжение, приложенное к транс- камере, чтобы электрофорезировать молекулы через нанопору. Количество нуклеиновых кислот через нанопоры сильно зависит от геометрии нанопор и других экспериментальных условий. Хотя эта тема исчерпывающе изучена как теоретически, так и экспериментально, она выходит за рамки данной главы, и читатель может обратиться к другим обзорам для обсуждения этой темы.
Несколько платформ секвенирования второго поколения стали доступны в 2007 году и получили дальнейшее развитие с запуском первого секвенатора одномолекулярной ДНК (Helicos Biosciences) в 2008 году. Платформа для секвенирования включена в метод, называемый секвенированием бисульфитных ампликонов (BSAS); этот метод сочетает в себе бисульфитную конверсию с целевой амплификацией интересующих областей, построение библиотеки секвенирования с помощью транспозонно-опосредованного подхода и настольное секвенирование следующего поколения. BSAS можно применять к любой области генома из любого источника ДНК. Однако недостатком BSAS является то, что использование фрагментации для построения библиотеки разбивает ампликоны.на более мелкие считывания секвенирования, сводя к минимуму восстановление цис-информации из длинных ампликонов BS, которые можно использовать для классификации эпигенетической гетерогенности.
Лево и др. проанализировали метилирование CpG в контексте доступности хроматина; однако метилирование CpG в любом образце ДНК можно было проанализировать. Альтернативой использованию дорогостоящих праймеров, которые включают прайминговые последовательности NGS, является лигирование T-образных адаптеров для NGS с ампликонами.
Нарушение эпигенетических процессов может привести к аномальной активности или бездействию генов, вызывая клеточные нарушения, которые тесно связаны с возникновением и прогрессированием опухоли. Технологии NGS были объединены с методами анализа метилирования ДНК и предлагают возможные средства для исследования изменений эпигенетических процессов и предоставляют ценную информацию о возникновении и прогрессировании ряда злокачественных новообразований.
